BiochemingLab推荐常用的工具

实验室自用脚本及程序

1. findbox:给定pdb文件，根据pdb文件中的原子坐标设定ledock或者autodock vina的口袋信息。
用法：findbox ligand.pdb 5
ligand.pdb为配体文件，也可以是其他能占据口袋的坐标信息，5是根据pdb中的x,y,z最大最小值扩展0.5 nm.
findbox linux_x86/64可执行程序下载链接：findbox.zip
2. dok2mol2: ledock以mol2格式的配体的分子对接结果是dok格式，通过dok2mol2可以根据输入的mol2文件将dok格式的结果转换为mol2格式。
用法：dok2mol2 your.dok your.mol2 2
your.dok是对接结果，your.mol2是原始的小分子结构，2表示dok文件中的第2个构象，如果想输出所有的构象
则可以采用：
for i in `grep Score $1|wc -l|xargs -I {} seq {}`;do dok2mol2 $1 $2 $i;done
dok2mol2采用c++编写，需要自行编译。
可以通过lephar.com网站下载：dok2mol2.cpp

3. rdkit2pdbqt.py: 采用rdkit相关的模块将蛋白pdb文件转换为pdbqt格式，或者将配体sdf格式转换为pdbqt格式，
脚本中关于可旋转键的定义可以自己重新定义
rdkit2pdbqt.py -r protein.pdb >pro.pdbqt
rdkit2pdbqt.py -l ligand.sdf >lig.pdbqt

下载地址：rdkit2pdbqt.zip
4. watvina: 赋予autodock vina新的特性：
watvina是本课题组基于vina引擎的二次开发
watvina专为药物设计而优化

  1. 基于CHARMM力场原子的VDW势能；
  2. 全部氢原子均贡献打分；
  3. 氢键考虑了极性氢与氢键受体的距离；
  4. 弱氢键考虑，F原子相关的弱相互作用加入；
  5. 共轭键的可旋转范围进行了限制；
  6. 支持药效团限制(或者原子位置限制)的分子对接；
  7. 支持水分子的对接。

-关于药效团格式(--pharma 后接文件)
name x y z cut_off weight
例如
ACC 0.0 0.0 0.0 0.3 0.5
氢键受体的ACC，药效团坐标为0 0 0，距离该坐标范围0.3以内的进行奖励，打分变为(1+ 0.5)*score；
目前支持的药效团有氢键受体ACC，氢键给体DON，芳环中心 ARO （建议cut_off为1.5）；
支持骨架限制的对接（原子位置限制），药效团名字为BFA，且配体中所要限制的原子的b-factor为100，cut_off和weight由用户自己定义。
其他的药效团有需求可以建议
-关于水分子格式
pdb格式，resname为HOH，水分子的能量值在b-factor列，水分子可以由其他软件预测如watermap，watsite，gist，3DRISM等等，溶剂化的权重根据不同的方法自己设置(--weight_desol)
与水分子有clash的距离也可以自己设置(--wclash_dist)
水分子的文件名字在 --water之后。
-关于版本
2021.09.29 由于遗传算法稳健的表现，灰狼优化算法的版本不再维护。
2021.09.30 恢复vina原先支持受体柔性的的功能，--water之后跟水模型文件，且修正去溶剂化当中的bug；
2021.10.08 恢复vina默认输出的结果的名称即：{input}_out.pdbqt
2021.10.17 修正氢键相关的打分。
2021.10.18 修复model.cpp的bug，增加输出水能量格点的文件选项。
2021.10.19 隐式水模型应用于格点能量，有利于构象搜索，计划应用于构象优化当中。
2021.10.20 优化隐式水模型，并在构象搜索和排序当中进行应用。
2021.11.02 水模型优化，在构象搜索整个过程均可应用。
2021.11.05 改写打分，再次优化水模型。
2021-11-12 修改水的采样，可以添加额外的二面角力场参数，可以设置受体的OH氢的柔性。
2021-11-14 删掉repulsion项，-OH可旋转仍然存在bug。
2021-11-16 修复柔性残基bug，修复遗传算法遗传操作子的bug，增强全局搜索性能。
2021-11-30 修复构象搜索中极性氢形成氢键饱和性问题。
2022-06-12 进一步修正氢键及部分范德华相互作用
2022-06-24 氢键重原子对的vdw优化，弱相互作用优化
2022-11- watvina迁移至github
-计划添加-

  1. 基于open dx格式的水分子格点能量支持；
  2. sdf和mol2配体格式支持，pdb格式的受体支持，包括不同力场的原子名称和残基名称；
  3. SMARTS格式支持；
  4. 特殊相互作用。

下载链接：https://github.com/biocheming/watvina

5. vmd启动脚本，另存为 ~/.vmdrc:
下载链接： vmdrc.zip

6. bashrc 环境变量中常用函数：
下载链接：bashrc.zip

办公软件

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