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实验室自用脚本及程序

1. findbox:给定pdb文件,根据pdb文件中的原子坐标设定ledock或者autodock vina的口袋信息。
用法:findbox ligand.pdb 5
ligand.pdb为配体文件,也可以是其他能占据口袋的坐标信息,5是根据pdb中的x,y,z最大最小值扩展0.5 nm.
findbox linux_x86/64可执行程序下载链接:findbox.zip
2. dok2mol2: ledock以mol2格式的配体的分子对接结果是dok格式,通过dok2mol2可以根据输入的mol2文件将dok格式的结果转换为mol2格式。
用法:dok2mol2 your.dok your.mol2 2
your.dok是对接结果,your.mol2是原始的小分子结构,2表示dok文件中的第2个构象,如果想输出所有的构象
则可以采用:
for i in `grep Score $1|wc -l|xargs -I {} seq {}`;do dok2mol2 $1 $2 $i;done
dok2mol2采用c++编写,需要自行编译。
可以通过lephar.com网站下载:dok2mol2.cpp

3. rdkit2pdbqt.py: 采用rdkit相关的模块将蛋白pdb文件转换为pdbqt格式,或者将配体sdf格式转换为pdbqt格式,
rdkit2pdbqt.py -r protein.pdb >pro.pdbqt
rdkit2pdbqt.py -l ligand.sdf >lig.pdbqt
下载地址:rdkit2pdbqt.zip
4. watvina: 赋予autodock vina新的特性:
watvina更新
watvina专为药物设计而优化

  1. 基于CHARMM力场原子的VDW肼深的高斯权重;
  2. 全部氢原子均贡献打分;
  3. 氢键考虑了极性氢与氢键受体的距离;
  4. 弱氢键考虑,F原子相关的弱相互作用加入;
  5. 共轭键的可旋转范围进行了限制;
  6. 支持药效团限制(或者原子位置限制)的分子对接;
  7. 支持水分子的对接。

-关于药效团格式(--pharma 后接文件)
name x y z cut_off weight
例如
ACC 0.0 0.0 0.0 0.3 0.5
氢键受体的ACC,药效团坐标为0 0 0,距离该坐标范围0.3以内的进行奖励,打分变为(1+ 0.5)*score;
目前支持的药效团有氢键受体ACC,氢键给体DON,芳环中心 ARO (建议cut_off为1.5);
支持骨架限制的对接(原子位置限制),药效团名字为BFA,且配体中所要限制的原子的b-factor为100,cut_off和weight由用户自己定义。
其他的药效团有需求可以建议
-关于水分子格式
pdb格式,resname为HOH,水分子的能量值在b-factor列,水分子可以由其他软件预测如watermap,watsite,gist,3DRISM等等,溶剂化的权重根据不同的方法自己设置(--weight_desol)
与水分子有clash的距离也可以自己设置(--wclash_dist)
水分子的文件名字在 --water之后。
-关于版本
2021.09.29 由于遗传算法稳健的表现,灰狼优化算法的版本不再维护。
2021.09.30 恢复vina原先支持受体柔性的的功能,--water之后跟水模型文件,且修正去溶剂化当中的bug;
2021.10.08 恢复vina默认输出的结果的名称即:{input}_out.pdbqt
2021.10.17 修正氢键相关的打分。
2021.10.18 修复model.cpp的bug,增加输出水能量格点的文件选项。
2021.10.19 隐式水模型应用于格点能量,有利于构象搜索,计划应用于构象优化当中。
2021.10.20 优化隐式水模型,并在构象搜索和排序当中进行应用。
2021.11.02 水模型优化,在构象搜索整个过程均可应用。
2021.11.05 改写打分,再次优化水模型。
2021-11-12 修改水的采样,可以添加额外的二面角力场参数,可以设置受体的OH氢的柔性。
2021-11-14 删掉repulsion项,-OH可旋转仍然存在bug。
2021-11-16 修复柔性残基bug,修复遗传算法遗传操作子的bug,增强全局搜索性能。
2021-11-30 修复构象搜索中极性氢形成氢键饱和性问题。
-计划添加-

  1. 基于open dx格式的水分子格点能量支持;
  2. sdf和mol2配体格式支持,pdb格式的受体支持,包括不同力场的原子名称和残基名称;
  3. SMARTS格式支持;
  4. 特殊相互作用。

下载链接:WATVina20211130.zip

5. vmd启动脚本,另存为 ~/.vmdrc:
下载链接: vmdrc.zip

6. bashrc 环境变量中常用函数
下载链接:bashrc.zip

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